Dinas Pekerjaan Umum Kepulauan Riau juga memiliki secretariat yang dipimpin pejabat eselon III. Peran dan fungsi sekretariat cukup banyak dalam mengumpulkan data dan berkoordinasi dengan bidang lainnya.

Pasal 195 Peraturan Gubernur Kepulauan Riau Nomor 20 tahun 2012 tentang Tupoksi dan Uraian Tugas Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD Dan Dinas Daerah Kepulauan Riau

1. Sekretariat mempunyai tugas melaksanakan koordinasi, pembinaan pelaksanaan tugas dan dukungan adminsitrasi dinas.

2. Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada ayat (1) Sekretariat menyelenggarakan fungsi;

a.pelaksanaan penyusunan perencanaan program kegiatan dinas;

b.penyelarasan dan kompilasi program kegiatan;

c.penyelarasan dan kompilasi program kerja serta pelaksanaan tata usaha keuangan;

d.pelaksanaan adminsitrasi kepegawaian, pengemban gan SDM, organisasi dan tata laksana dinas;

e.pelaksanaan ketatausahaan, perlengkapan dan urusan rumah tangga dinas;

f.pengkoordinasian pelaksanaan sistem informasi ke- PU-an;

g.pelaksanaan evaluasi dan pelaporan program kerja dinas;

h.pelaksanaan administrasi keuangan dinas; dan

i.melaksanaan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh kepala dinas.

3. Sekretariat terdiri dari:

a.Subbagian Perencaan dan Evaluasi Program;

b.Subbagian Keuangan;dan

c.Subbagian Umum dan Kepegawaian.